Zu den Aufgaben der Schulleitung gehört die Sicherstellung der Schulqualität, die Verantwortung bei der Personalrekrutierung sowie die Führung des pädagogischen und therapeutischen Personals, die Verantwortung bei Mitarbeiterbeurteilungen, die Förderung und Koordination der Weiterbildung der Lehrpersonen, die Leitung der Schulkonferenz, die Zuteilung der Schülerinnen und Schüler zu den Klassen und das Festlegen von sonderpädagogischen Massnahmen. Sie orientiert sich am Schulprogramm.

Bei der Schulleitung Sekundarschule kommt zusätzlich die personelle Führung der Hauswarte hinzu.

Ausserdem ist die Schulleitung Ansprechperson für Eltern, Schülerinnen und Schüler bei Fragen und Problemen, welche die Schule betreffen.

Die Schulleitungen bilden zusammen mit der Leitung der Schulverwaltung die Geschäftsleitung der Schulen Zell.